基础医学实验中心是承担全校各医学相关专业基础课程实验教学的单位，下设分子医学实验中心、形态学实验中心（一区）、形态学实验中心（二区）及机能学实验中心四个实验中心。四个实验中心总面积约7500余平方米，标准学生实验室42个 ，可同时容纳900余人进行实验，仪器设备固定资产总价值约3300多万元。主要承担临床医学、护理学、医学影像技术、影像学、药学、药物制剂、口腔医学、口腔医学技术、医学检验技术、中药学、康复治疗学等本科专业以及临床医学、护理、口腔医学、医学检验技术、医学营养、医疗美容技术、针灸推拿等专科专业的专业基础实验课的准备与部分教学任务。

实验教学中心成立以来，中心改革教师和实验技术人员分类管理制度，成立实验教学课程组，实施竞聘上岗，并改革绩效考核办法，加强制度建设，贯彻“管理服务教学”的方针。在学校及学院的大力支持下对中心各平台实验室进行了整体环境改造和设备升级，同时不断加大信息化管理手段等实验室运行管理建设的投入，进一步丰富数字网络教学资源，建立数字化实验教学课程，实现了形态学全面数字化实验教学改革，构建了基础医学数字化网络实验教学平台。在课程设置、学生培养等方面更新了教学理念，进行了大胆的改革和探索，取得了显著的成效，起到了良好的辐射和示范作用。